Estlands floder er meget små, og blandt landets syv hundrede floder kan kun ni prale af at overvinde mærket på hundrede kilometer.
Piusa -floden
Piusa passerer gennem to staters territorier - Republikken Estland og Rusland. Den samlede længde af flodlejet er treoghalvfems kilometer. Opdelingen er som følger: Estland ejer firs kilometer Piusa; andelen af det russiske territorium tegnede sig for små tretten kilometer. Det samlede opland er 796 kvadratkilometer.
Flodens kilde er placeret på estiske landområder i vandet i søen Alasjärv (landsbyen Villa, der ligger i sydvestlig retning fra landsbyen Vastseliina - tolv kilometer). Flodmundingen er et spejl af Peipsisøen, ikke langt fra landsbyen Budovizh. Ved sammenløbet deler Piusu sig og flyder ind i søen i to grene.
Flodens midterløb - atten kilometer mellem landsbyerne Vastseliina og Saetamme - løber langs en smuk hul. Det var hende, der blev stedet, hvor reservatet blev organiseret. Det blev grundlagt i 1965 og dækker et område med et samlet areal på over ni kvadratkilometer.
Võhandu -floden
Võhandu er den længste vandvej i republikken. Dens samlede længde er lig med hundrede og tres to kilometer. Kilden til Võhandu ligger i nærheden af den estiske bosættelse Saverna. Derefter passerer den gennem Jiksisøens dybder og afslutter rejsen og forbinder vandet i den varme sø. Dette sker ikke langt fra landsbyen Võõpsu.
Det er bemærkelsesværdigt, at beboerne før Vagulasøen kalder denne flod for Pyhajõgi, men efter dens udgang fra dens farvande - Voo.
Fartøjer sejler langs floden langs sektionen afgrænset af Peipsi -søen og havnen på landsbyen Võõpsu. Talrige vandløb er hovedleverandørerne af vand til Võhandu.
Parnu -floden
Pärnu er en estisk flod med en samlet længde på hundrede og fireogfyrre kilometer. Det samlede opland er næsten syv kvadratkilometer. Flodens kilde er en miniaturesø med kildeoprindelse (ikke langt fra Roosno-Alliku), men den ender Pärnu-ruten, der løber ud i vandet i Pärnus-bugten (en del af Rigabugten, det baltiske vandområde).
Floden fodres blandet. Og hvis underjordiske farvande i de øvre områder bliver leverandører, så regner det i de nederste. Floden fryser ikke altid om vinteren. Hvis dette sker, dannes der is fra omkring det andet årti af december og varer indtil slutningen af marts.
Floden er kun sejlbar i nærheden af stedet for dens sammenløb. Flodlejet er blokeret af dæmninger på elleve steder.
