Floderne i Tadsjikistan er fuldstrømmende og tilhører hovedsageligt Aralhavsbassinet. Og kun få strømmer ud i farvandet ved Karakulsøen eller Tarima -floden.
Amu Darya -floden
Amu Daryas kanal passerer gennem fire landes territorium på én gang - Afghanistan, Tadsjikistan, Usbekistan og Turkmenistan. Den samlede længde af kanalen er 2.400 kilometer. Heraf passerer 1.415 kilometer gennem landet. Kilden til Amu Darya dannes ved sammenløbet af to floder - Vakhsh og Pyanj. Flodens munding er vandet i Aralsøen (ved sammenløbet danner det et stort delta).
Der er få bifloder nær floden. I gennemsnit modtager Amu Darya vandene i Kafirnigan, Surkhandarya og Sherebad, samt en venstre sideelv - Kunduz -floden. Og yderligere, op til sammenløbsstedet, er der ikke flere bifloder. Flodens vand bruges aktivt, og derfor når Amu Darya ikke Aralsøen. Det er netop det, der blev en af årsagerne til dens udtørring.
I farvandet i Amu Darya er der en del forskellige fiskesorter: asp; skaldet mand; aral havkat; brasen; sabrefish; sølvkarpe; Hvid amur; had.
Vanj River
En af floderne, hvis kanal udelukkende er placeret på Tadsjikistans område. Det er en højre biflod til Pyanj -floden. Flodens samlede længde er 103 kilometer. Kilden er dannet ved sammenløbet af to floder - den ene stammer fra gletsjerne i Vanch -højderyggen, den anden fra højderyggen ved Videnskabsakademiet (vestlig skråning). Kanalen løber mellem Vanch og Darvaz højderne.
Kashkadarya -floden
Territorielt passerer flodlejet gennem landene i Tadsjikistan (Sughd -regionen) og Usbekistan (Kashkadarya -regionen). Konventionelt har floden tre navne: i de øvre områder - Obikhunda; mellemforløbet - Shinachasai; lavere - Maimanakadarya.
Den samlede længde af kanalen er 378 kilometer. Flodens kilde er i 2960 meters højde over havets overflade og er dannet af to unavngivne floder. Hoved bifloder: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Muksu -floden
Den samlede længde af kanalen er 88 kilometer. Muksu ligger i Jirgatal -regionen i Tadsjikistan. Kilden er sammenløbet mellem to floder: Seldara og Sauksoy (Fedchenko og Bolshoi Saukdar gletschere).
Kuzylsu -floden
Kyzylsu, som betyder "rød flod", løber gennem Kirgisistans og Tadsjikistans område. Kilden er skråningerne i Trans-Alai-serien. Den samlede længde af kanalen er 235 kilometer. Ved sammenløbet med Muksu -floden giver det anledning til Vakhsh -floden.
Vakhsh -floden
Flodkanalens samlede længde er 786 kilometer, og de passerer alle gennem Tadsjikistans område. Kilden til floden er på skråningerne af Pamir, men stedet for dens sammenløb med vandene i Pyanj -floden giver anledning til den store Amu Darya. Floden er den vigtigste kilde til kunstvanding samt elproduktion.
