For det meste tilhører Perus floder bassinet til den største flod i verden - Amazonas.
Javari -floden
Zhavari er en af floderne i den centrale del af Sydamerika. Geografisk tilhører flodlejet to lande - Peru og Brasilien. Den samlede længde af kanalen er 1.056 kilometer. Javari passerer gennem den nordvestlige del af Brasilien og er en højre biflod til Amazonas.
Kilden til floden er på skråningerne af de peruvianske Andesbjerg (La Montagna). Derefter stiger det ned fra bjergene, og for resten af strømmen er den naturlige grænse mellem Brasilien og Peru.
Floden er sejlbar i 500 kilometer op fra mundingen. I regntiden, der varer fra januar til maj, stiger længden af den sejlbare sektion.
Girua -floden
Girouis er en af de mange rigtige bifloder til Amazonas. Flodens samlede længde er 3280 kilometer. Kilden er byen La Montia (Peru), der ligger ved foden af de peruvianske Andesbjergene.
Floden er sejlbar i 1.823 kilometer fra dens sammenløb (til området Cruzeiro do Sul). Vandløbsoplandet er beboet, men hovedsageligt i midten af floden.
Kurarai -floden
Curarai er en af de sydamerikanske floder, der ligger på to landes område - Ecuador og Peru. Det er den højre biflod til Napo -floden. Kilden til floden er de østlige foden af Andesbjergene.
Den samlede længde af kanalen er 800 kilometer. Og det passerer gennem Pastas (provinsen Ecuador) og Loreto (Peru). Perus område er 414 kilometer langt. Kurarai er dybt hele året, men kan kun navigeres i de lavere områder. Flodlejet passerer gennem tyndt befolkede områder. Hovedsagelig indiske folk - Waorani og Quechua - bor på flodbredden.
Madre de Dios -floden
Madre de Dios passerer gennem to landes område - Peru og Bolivia - og tilhører Amazonbassinet. Den samlede længde af flodlejet er 640 kilometer.
Kilden til floden er i de peruvianske Andesbjergene.
Madre de Dios er en af de vigtigste vandveje i det øvre Amazonas. På flodens bredder er der en stor havneby - Puerto Maldonado. Efter ham er floden sejlbar.
Floddalen bruges aktivt til at dyrke mango. Derudover udvindes guld her, samt logning i industriel skala. Der er flere beskyttede naturområder på flodbredden.
Mantaro -floden
Flodbredden er helt i Peru og har en længde på 724 kilometer. Mantaro er en gren af Apurimaca -floden. Geografisk passerer landene i følgende provinser: Junin; Yauli; Hauka; Concepcion; Huancayo.