Vologda ligger på højre bred af floden med samme navn, som er en gammel vandvej, der forbinder denne by gennem bassinerne i Sukhona- og Sheksna -floderne med Arkhangelsk.
For første gang i historiske kilder blev byen nævnt i det XII århundrede. I 1400 -tallet blev Vologda styret af Veliky Novgorod. Fra 1462 i tyve år var Vologda centrum for appanage -fyrstedømmet, men fra 1481 faldt det under Moskva -fyrstedømmets styre, hvis hersker dengang var Ivan III.
I 1565 besluttede Ivan den frygtelige at oprette sin anden oprichnina -bolig i Vologda. Han ville bygge et Kreml og en fæstning her. Tusinder af håndværkere og bønder blev hyrdet til Vologda, og konstruktionen blev ledet af den engelske ingeniør H. Locke. I planen var Kreml et rektangel. På den nordlige side var den beskyttet af Vologda -floden, og på begge sider blev der gravet en voldgrav med vand. Men angrebet på Krim -Khan i 1571 og pesten, der begyndte i Vologda, tvang Ivan IV til at vende tilbage til Moskva. Med kongens afgang ophørte byggeriet.
På grund af fraværet af alvorlige befæstninger led Vologda meget under invasionen af den polsk-litauiske hær i 1612. Men byen blev hurtigt genopbygget og overskred endda sin tidligere størrelse. Ved slutningen af 1600 -tallet bestod det historiske centrum af Vologda af fire dele: By, Verkhniy Posad, Nizhniy Posad og Zarechye. Men i begyndelsen af 1700 -tallet svækkede Vologdas økonomiske stilling noget på grund af grundlæggelsen af Skt. Petersborg og udviklingen af handelen i Østersøen.
I 1708 blev Vologda indlemmet i Arkhangelsk -regionen. Men allerede i 1719 blev byen centrum for Vologda -provinsen, og i 1796 - centrum for Vologda -provinsen, som eksisterede indtil 1929.
I 1800 -tallet blev byen et sted for politisk eksil for mange medlemmer af intelligentsia. I 1918 spillede Vologda rollen som Ruslands "diplomatiske hovedstad" i 5 måneder. Efter indgåelsen af Brest -fredstraktaten flyttede ambassader og missioner fra 11 større stater midlertidigt hertil, især: USA, Storbritannien, Frankrig, Japan, Kina, Brasilien osv.
Nu er Vologda et populært turistcenter besøgt af både russere og udenlandske turister.